L'analyse de la pureté des peptides est généralement effectuée par chromatographie liquide haute-performance (HPLC). L'objectif principal de l'analyse par spectrométrie de masse est de confirmer le poids moléculaire ; actuellement, les principales techniques utilisées pour l'analyse des peptides sont la spectrométrie de masse à ionisation par électrospray (ESI-MS) et la spectrométrie de masse à désorption/ionisation laser assistée par matrice{{3} (MALDI-MS).
L'analyse de la composition en acides aminés révèle les types et les quantités d'acides aminés présents dans un peptide, tandis que le principe fondamental sous-jacent à l'analyse de la séquence d'acides aminés est la dégradation d'Edman.
Les méthodes d'identification des structures secondaires peptidiques comprennent le dichroïsme circulaire (CD), la résonance magnétique nucléaire (RMN), la diffraction des rayons X-, entre autres.
Au cours du-processus de synthèse en phase solide, diverses impuretés-telles que des séquences de délétion, des séquences d'insertion, des-peptides mal couplés, des peptides épimérisés et des peptides oxydés-peuvent être générés. L'identification de ces impuretés liées aux peptides-se fait généralement par chromatographie liquide-spectrométrie de masse en tandem (LC/MS/MS) ; LC-MS permet la détermination précise de la masse d'un peptide, tandis que MS/MS est utilisée pour élucider sa séquence. De plus, des techniques de chromatographie HPLC peuvent être utilisées pour obtenir une séparation et une détection efficaces.
Dans la synthèse peptidique en phase solide-, l'efficacité du couplage est principalement évaluée en détectant la présence de groupes amino libres sur la résine ; cette méthode de détection est connue sous le nom de test de Kaiser (ou test à la ninhydrine). Si des groupes aminés libres sont présents, une couleur bleue ou brun rougeâtre- se développe.